Prado-familien og The Skinner står i sentrum for Dexter sesong 3. I tillegg blir Dexter en familiemann.
Dexters personlige liv
Rita oppdager at hun er gravid, og de bestemmer seg for å gifte seg. Etter hvert som Rita utvikler seg med bryllupsplaner, er Dexter borte mye med sin nye venn, Manuel Prado. Manuel ser Dexter for den han egentlig er, og han blir ikke frastøtt. Dexter begynner å svikte vakta med Manuel, og de blir ekte venner.
For øyeblikket når han nesten dør av hendene til George King, skjønner Dexter at han virkelig vil se sønnen komme til verden, og han vil se ham vokse opp.
Dexter ber Debra være sin beste mann, og han og Rita gifter seg.
Harrys kode
Dexter oppdager at et seksuelt rovdyr ser på Astor. I følge Harrys kode kan Dexter ikke drepe rovdyret fordi han ikke er en morder. Dexter konkluderer med at koden må utvikle seg og bli hans egen. Han dreper rovdyret.
Prado-familien
Dexter finner sitt neste drap, en morderisk narkotikahandler som går under navnet Freebo. Dexter snubler ved et uhell i en kamp mellom Freebo og en mann han senere lærer er Oscar Prado. Freebo stikker av og Dexter dreper Oscar i selvforsvar. Oscars bror, assisterende distriktsadvokat Miguel Prado, jobber med saken. Miguel har en historie med LaGuerta, og de er fortsatt i nærheten.
Dexter finner Freebo og dreper ham, men Miguel tar ham nesten. Utenfor forteller Dexter til Miguel at han måtte drepe Freebo i selvforsvar. Miguel hjelper ham med å dekke over forbrytelsen, og de to begynner å henge sammen. Rita liker å tilbringe tid med Miguels kone, Syl.
Miguel setter to og to sammen når en kriminell han klaget over, viser seg å være død. Han vil samarbeide med Dexter for å gjøre byen til et tryggere sted. Dexter ønsker å motløse ham og kommer derfor med en plan om å la Miguel la en kriminell gå, slik at Dexter kan drepe ham. Han er sjokkert når Miguel går gjennom planen.
Miguel vil at de skal drepe en tøff forsvarer, Ellen Wolf, som kommer på Miguels måte profesjonelt. Dexter sier at hun ikke passer til koden, og når hun viser seg å være savnet, mistenker Dexter Miguel og bekrefter mistankene ved å følge ledetrådene fra Miguel.
Dexter prøver å få innflytelse på Miguel, men kommer til slutt til at han må drepe ham. Miguel ansetter sin sinte bror, Ramon, som kroppsvakt. Dexters plan er å gjøre det bryllupskvelden fordi Miguel skulle være hans beste mann. Dexter merker at LaGuerta er på vei til Miguel og at hun er i fare, så Dexter dreper ham raskere.
Yuki amado
Yuki, en agent for interne anliggender, kontakter Debra fordi hun ønsker informasjon om Debras nye partner, Joey Quinn. Debra nekter de mange, mange forespørslene fra Yuki og forteller til slutt Quinn at han blir etterforsket. Quinn sier at det er personlig, men forteller senere til Debra at Yuki var hans partner, og hun tilgav ham aldri for å vite om en kollegas narkotikamisbruk og prøve å hjelpe ham personlig i stedet for å gå til deres overordnede. Mannen døde av overdosering av narkotika.
Skinneren
Da Dexter først gjenkjenner et offer som Teegan, Freebos kjæreste, antar han at Freebo drepte henne. Men når drapene fortsetter etter at Dexter dreper Freebo, vet han at det er noen andre, til tross for at politidepartementet leter etter Freebo. Morderen heter The Skinner fordi han fjerner offerets hud før han dreper dem. Avdelingen kobler til slutt George King til drapene, og Dexter finner ut at han skinner mennesker som tortur fordi han vil at de skal fortelle ham hvordan han skal finne Freebo, som skylder ham penger.
Skinner kidnapper Dexter og binder ham til et bord. Dexter blir fri og dreper The Skinner akkurat som politiet ankommer. Dexter kaster ham på en politibil for å få den til å se ut som et selvmord, og sniker seg deretter ut av et vindu.
Debras fyr
Mens han lette etter The Skinner, ber Quinn Debra snakke med sin konfidensielle informant, Anton Briggs. Debra snakker med ham flere ganger, og de danner et romantisk forhold. Debra føler seg skyldig i å ha et forhold til en CI og forteller Dexter at faren deres ikke ville godkjenne det. Dexter forteller til Debra at faren deres hadde en affære med et CI.
Sersjant Batista anbefaler Debra for et detektivskjold, og LaGuerta spør henne om hun heller vil ha skjoldet eller Anton, og hun velger Anton. LaGuerta sier at hennes personlige liv alltid skal komme først, og gir henne skjoldet.
Anton blir tatt av The Skinner og Debra jobber overtid til hun finner Anton.
Dexters forbindelse
Dexter, som hevder at han ikke har noen følelser, søker alltid etter en forbindelse. Han trodde han hadde funnet denne forbindelsen i Miguel Prado og begynte å dele sine dypeste hemmeligheter, bare for å finne ut at Miguel manipulerte ham. Dexters søken etter forbindelse fortsetter.