Ordre 66 var ordren kansler Palpatine ga republikkens store hær i Episode III: Revenge of the Sith. Det var en av flere beredskapsordrer gitt til Clone Troopers, som de ble opplært til å følge uten spørsmål i en nødsituasjon. Ordre 66, som bare kunne utføres på Palpatines direkte kommando, ba om at Clone Troopers skulle drepe sine Jedi-ledere. Tilsynelatende på plass for å forhindre at Jedi snudde seg mot republikken, var Order 66 virkelig Palpatines plan om å eliminere Jedi Order slik at Sith kunne ta makten.
I universet: Bestilling 66 sier:
I tilfelle Jedi-offiserer opptrer mot republikkens interesser, og etter å ha mottatt spesifikke ordre bekreftet at de kommer direkte fra den øverste sjefen (kansleren), vil GAR-kommandanter fjerne disse offiserene med dødelig styrke, og kommandoen over GAR vil vende tilbake til Øverste øverstkommanderende (kansler) inntil en ny kommandostruktur er opprettet.
Da ordre 66 ble utstedt, trodde et antall klontropper at det var en falsk ordre og begynte å beskytte jediene i stedet for å drepe dem. Flere andre Jedi overlevde ved å drepe de angripende Clone Troopers.
Darth Vader ledet kampanjen for å jakte på og drepe de fleste av de overlevende i årene etter ordre 66. Denne keiserlige ødeleggelsen av Jedi er kjent som Great Jedi Purge. Over 100 Jedi og tidligere Jedi skjulte seg og overlevde hele Purge; for eksempel overlevde Yoda og Obi-Wan Kenobi ved å gå i eksil på de avsidesliggende planetene til Dagobah og Tatooine.